据台军方内部表示，马对两岸关系的和缓深具信心，但建军不松懈，并偏重于陆军的“决战本岛”，和建立第二击报复武力为主，军方未来的部署也将重北轻南，北部是台湾政军经的头脑，“爱国者反导弹系统”、陆海空重心都将以保卫台北为第一任务；对应于中国大陆导弹精准度提升，两岸一旦开战，北、中、南军团根本无法相互支持，各军团独立作战势在必行，而北台湾自然会成为最重要的战力部署。

军方内部认为，马的战略布局较扁和李登辉时代“决战境外”的思考更为务实，不至于因大陆崛起，而陷入武器竞赛的泥淖，而拖垮台湾经济。

因此，台湾的巡航导弹、中程弹导导弹及远程多管火箭的研制与量产将是马英九第一任内的主要国防突破，从第二击报复力量中，增加台湾不对称战力的筹码，对美的军事采购也将侧重反弹导的爱国者飞弹及争取德国潜舰为主。

北京方面，也意识到台北短期内即将拥有反击的武力，因此公布反弹导系统的成功测试，除军事力量的宣示外，最重要还是对台的政治喊话。